Die Bauökologie betrachtet das gesamte Baugeschehen mit seinen Einflüssen auf Mensch und Umwelt. Die Überzeugung, dass "die Regeln und Mechanismen des über Jahrmillionen bewährten Naturhaushaltes, wie sie in der Ökologie aufgezeigt werden, auch auf menschliche Lebenssysteme anwendbar sind" (Krusche), ist eine wesentliche Basis für die Bauökologie. Jeder Bauvorgang belastet die Umwelt und ist mit dem Ge- und Verbrauch natürlicher Ressourcen verbunden. Gewinnung, Herstellung und Transport von Baumaterialien bedeuten Rohstoff- und Energieverbrauch, Luft- und Wasserverschmutzung, Lärm, Abfälle, kleinklimatische und landschaftliche Veränderungen sowie Bodenversiegelung. Als einer der größten Wirtschaftszweige unserer Volkswirtschaft hat der Baubereich einen bedeutenden Anteil an der Umweltbelastung. Ziel der Bauökologie ist es, die Eingriffe in die Natur beim Bauen so gering wie möglich zu halten und zeitgleich größtmögliche Gesundheit für die Gebäudenutzer zu schaffen. Die Steuerung der Stoffströme im Sinne einer Reduzierung von Rohstoffverbrauch ist eines der wichtigen bauökologischen Handlungsziele.
Bauökologie ist kein starres, fertiges Konzept; jede Objektplanung erfordert eine kennzeichnende Vorgehensweise, bei der die örtlichen Rahmenbedingungen jeweils neu bedacht werden müssen.